كانت في الأصل جزءًا من الأجزاء الغربية لكنيسة أنبا مقار الكبير. أما تاريخ عمارتها فقد أعاد بناءها الأرخن القبطي المعلِّم إبراهيم الجوهري على نفقته عام 1773م بمنارتها البسيطة الرائعة ذات المسحة القبطية الأصيلة والتي أُخذ عنها تصميم المنارة الحالية للدير
وبرج جرس الكنيسة (أي المنارة) بسيطة ومفرغة من الداخل وبها جرس صغير من البرونز ارتفاعه 45 سم وقطر فتحته 41 سم ولا توجد عليه أية نقوش أو كتابات.
نحن لا نستطيع بالضبط تحديد مكان استشهاد هؤلاء الشهداء القديسين. ولكننا نعلم أن أجسادهم كانت محفوظة حتى القرن السابع، ففي وقت تجميع السنكسار في القرن الثالث عشر تقريباً كانت الأجساد محفوظة في قلاية تسمَّى باسمهم (قلاية بهميه إبسيت).
وقد قام المعلِّم إبراهيم الجوهري في سنة 1489 للشهداء أي سنة (1773 ميلادية) بإنشاء كنيسة التسعة والأربعين شهيداً على نفقته الخاصة. وقد نُقلت إليها أجساد الشهداء التسعة والأربعين من القلاية التي كانت مجاورة لقلاية الأب البطريرك المقابلة أي القصر.
حجاب هيكل كنيسة الشيوخ مقسم بحشوات صغيرة مستوية مدهونة بألوان زيتية، وعليه تاريخ إقامته سنة 1582 للشهداء وهي تقابل سنة 1866 ميلادية. وأعلى باب الحجاب كتابة مطعمة تقول: [والمهتم بذلك الأب البطريرك أنبا ديمتريوس] ثم كتابة أخرى مكتوبة بالعربية والقبطية تقول: [السلام لهيكل الله الآب، السلام لشيوخ شيهات] ثم كتابة ثالثة تقول: [وكان عمل هذا الحجاب سنة 1582 للشهداء].
بيض النعام المعلَّق أمام الهيكل:
ترمز البيضة إلى الرجاء والقيامة وهذا المعنى مشتق من الطريقة التي يخرج بها الكتكوت من البيضة عند ولادته (يفقس).
يوجد لوحة على قماش جديدة للتسعة والأربعين شهيداً من رسم الأستاذ الفنان/ كمال غطاس سنة 2001م. والفنان كان بارعاً في خياله الخصب وتصويره حيث جعل أنبا يوحنا رئيسهم وأبوهم الروحي في المقدِّمة وبقية الرهبان وضعهم كخلفية للصورة ورسم أيضاً مارتينوس وزيوس ابنه القادمين من القصر الإمبراطوري بالقسطنطينية اللذين استُشهِدا معهم، ووضع أيضاً الحصن الذي اختبأ فيه رفاقهم الذين لم يكونوا مستعدين لهذه الساعة، ثم رسم أيضاً البئر الذي غُسلت في مياهِهِ السيوف التي ذُبِحَ بها الشهداء.
