في نهاية القرن الخامس تقريباً (482م) حدث أمر هام كان له الأثر الكبير في مصير دير أنبا مقار وتطور عمارته تطوراً سريعاً وتركزه بصورة نهائية في المنخفض المتاخم للصخرة شرقاً، ألا وهو دخول الراهبة إيلارية بنت الملك زينون – (توفِّي هذا الملك سنة 491م) – التي هربت من قصر الإمبراطور وصارت ضمن مجموعة متوحدي دير أنبا مقار متخفية في زي رجل: الأمر الذي لما كشفه الملك زينون بعد ذلك بزمن طويل جعله يغدق على دير أنبا مقار بعطف متـزايد، وبقية الأديرة معه، من هبات وأوقاف ومبانٍ، الأمر الذي تسبب في ظهور الحصون الضخمة والكنائس والمنشوبيات والمباني ذات الأعمدة الرخامية العديدة، والتي لا تزال آثارها بدير أنبا مقار تشهد لعصور سالفة بلغت فيها عمارة الدير أوج عظمتها، فقد ذُكر أن صحن كنيسة أنبا مقار كان مرفوعاً فوق عشرين عموداً رخامياً … ولا تـزال التيجان الكثيرة المتعددة الأحجام والأشكال والألوان تملأ الدير حتى يومنا هذا. وكنيسة أنبا مقار بالذات أخذت نصيبها من الاتساع ومن العمارة اللائقة لتكون الأساس الدائم الذي ظلَّ يتجدد من قرن إلى قرن.
