هذه الكنيسة كانت أصلاً جزءًا من كنيسة أنبا مقار من الجهة القبلية وكانت هي فعلاً المدخل الرئيسي والاحتفالي للكنيسة الكبرى قبل تهدمها ثم رُمِّمت وأصبحت كنيسة قائمة بذاتها. ولكن فيما بعد تهدَّمت مرة أخرى ولم يبق منها سوى خورسها الغربي الذي رُمم وأصبح مائدة الدير القديمة. والكنيسة بوضعها الحالي يرجع تاريخها إلى القرن الثالث عشر حيث يُذكَر أن البابا بنيامين الثاني الـ 82 قد كرسها حينما كرَّس الميرون في الدير عام 1330م.
كُتب على باب الهيكل بالتطعيم أن [المهتم بذلك الأب البطريرك أنبا ديمتريوس، السلام لهيكل الله الآب، السلام للشهيد أبسخيرون، صاحب هذه البيعة، وكان عمل هذا الحجاب سنة 1582 للشهداء (القرن التاسع عشر الميلادي).
مغلق من جميع الجهات ويُعتقد أن أسفل المذبح يوجد جزء من جسد الشهيد أبسخيرون القليني أو أحد الأجساد الكريمة الأخرى حسب الطقس القديم جداً الذي يوصي بوضع أجساد الشهداء تحت المذبح.
من مآثر القرن الثالث عشر، مبنية بالطوب الأحمر ومن مواد أولية. هذه القبة الرائعة والفريدة من نوعها في مصر، هي إحدى روائع الفن المعماري ومن أجمل الآثار في الدير من الطراز المسمَّى بالقبة الرباعية.
هذا الباب الجميل (من القرن الثالث عشر) كان يَفتح على صحن الكنيسة الكبرى عندما كان مذبح هيكل أبا سخيرون جزءًا من كنيسة أنبا مقار ذات الخمس الهياكل بصحونها كاملة. وقد زُيِّن بزخرفة دقيقة بديعة من الطوب الطبيعي مما يؤكد أن هذه الكنيسة كنيسة الشهيد أبسخيرون بهيكلها وقبتها الرائعة تحمل ذكرى هامة كأثر خالد.
وقد اكتشفنا كتابة على الطوب الأحمر لهذا الباب تقول:
[كان الفراغ منه في سنة 1070 للشهدا عمل المعلم سمعان].
الذخيرة الغالية التي لهذه الكنيسة هي جسد القديس يوأنس القصير الذي نُقل إلى الدير في القرن الخامس عشر (سنة 1413م) إثر تهدُّم ديره بسبب هجوم النمل الأبيض فحمله الرهبان مع مخطوطات الدير وأتوا به إلى دير القديس أنبا مقار.
-
- أيقونة للقديس أنبا مقار من رسم الراهب إبراهيم الناسخ كُتِبَ عليها تاريخ رسمها في 1454 للشهداء، أي أنها تعود إلى عام 1738م (القرن الثامن عشر).
-
- الأيقونة الخاصة بالثلاثة مقارات القديسين بيد الفنان القبطي إبراهيم الناسخ ترجع إلى عامي 1750/1780م.
-
- أيقونة للثلاثة مقارات القديسين كُتب في أسفلها أنها من الحبر الجليل الأنبا أبرآم مطران كرسي البلينا لبيعة القديس العظيم أنبا مقار كوكب برية شيهات بالدير سنة 1646 ش. وهو نفسه كان رئيس الدير في هذا الوقت.
-
- أيقونة القديس يوحنا القصير: مدوَّن عليها الآتي: [القديس يوحنا القصير صاحب الشجرة بجبل شيهات، رسم أنسطاسي الرومي، المهتم بذلك المعلِّم يوحنا أبو جرجس وأخوه، وذلك على يد … القمص بطرس أحد رهبان دير القديس العظيم أنبا مقار أب جبل شيهات وقفاً مؤبَّداً وحبساً مخلَّداً على عزبة أنبا مقار بدرب الجنينة بالأزبكية وذلك في 10 بابة سنة 1574 للشهداء. الأيقونة المعروضة الآن نسخة بينما يحفظ الأصل في متحف الدير.
