من الأمور التي وطدت الصلة بين دير أنبا مقار وكرسي البطريركية ابتداء عادة دفن البطاركة في الدير، وكان أول من دُفن في الدير هو أنبا خائيل الثاني الـ53 الذي خلف أنبا يوساب الـ52، والذي لت تَدُمْ بطريركيته طويلاً (850-852)، وقد تنيح في 22 برمودة 567 للشهداء الأطهار، وجعلوا جسده داخل الكنيسة:
فلما كان في أيام الصوم توجه هذا الأب البطريرك إلى البرية المقدسة ليتم هناك عيد الفصح كعادة الآباء البطاركة. فما كان بعد العيد إلا أن توجع قليلًا، فدعاه السيد المسيح إليه وتنيح في 22 برمودة 567 للشهداء الأطهار، وتم فيه قول المزمور “شهوة قلبه أعطيته ولم تمنع هنه إرادة شفتيه”. وجعلوا جسده في بيعة القديس أبو مقار. (من: تاريخ البطاركة، مجلد 2، جزء 1، ص 2)
في الجهة البحرية من الخورس الثاني من الكنيسة توجد أجساد الثلاثة مقارات القديسين: أنبا مقار الكبير ثم أنبا مقار الإسكندري، ثم أنبا مقار الأسقف والشهيد.
أما المقصورة الموضوعة أسفل الثلاثة أجساد فهي تحوي أجساد عشرة من الآباء البطاركة ثمانية منهم من رهبان الدير وأسماء الـ 10 بطاركة هي:
1 – أنبا خائيل الثالث البطريرك 56 ومدة بطريركيته من سنة 880-907م في العصر العباسي وهو راهب من دير أنبا مقار.
2 – أنبا غبريال الأول البطريرك 57 ومدة بطريركيته من سنة 909-920م في عهد الدولة الطولونية وهو راهب من دير أنبا مقار.
3 – أنبا مكاريوس الأول البطريرك 59 من سنة 932-952م في عصر الدولة الإخشيدية وهو أحد رهبان دير أنبا مقار.
4 – أنبا كيرلس الثاني البطريرك 67 من سنة 1078-1092م في عهد الدولة الفاطمية وهو أحد رهبان دير أنبا مقار.
5 – أنبا ميخائيل الثاني البطريرك 68 من سنة 1092-1102م في عهد الدولة الفاطمية وهو أحد رهبان دير أنبا مقار.
6 – أنبا مكاريوس الثاني البطريرك 69 من سنة 1102-1128م في عهد الدولة الفاطمية وهو أحد رهبان دير أنبا مقار.
7 – أنبا ميخائيل الثالث البطريرك 71 من سنة 1145-1146م في عهد الدولة الفاطمية وهو أحد رهبان دير أنبا مقار.
8 – أنبا مرقس الخامس البطريرك 98 من سنة 1603-1619م في عهد الدولة العثمانية وهو أحد رهبان دير أنبا مقار.
9 و10 – أنبا غبريال (بن تريك) البطريرك 70 من سنة 1131-1146م، وأنبا يوحنا البطريرك 72، ليسا من رهبان الدير، ولكن تم نقل جسديهما إلى دير أنبا مقار بواسطة البطريرك أنبا مرقس الثالث الـ 73 المدعو ابن زرعة (1166-1189) وذلك أثناء الصوم الكبير سنة 1170 ميلادية.
والمقصورة مُزينة بنقوش تُمثِّل الطاووس يأكل من الكرمة وهو رمز بديع للخلود، فالطاووس يرمز للخلود لأنه يجدِّد ريشه كل ربيع والكرمة ترمز للسيد المسيح الكرمة الحقيقية.
